Đề xuất miễn thuế VAT cho doanh nghiệp mua nông – thủy sản chưa qua chế biến

Bối cảnh thay đổi chính sách VAT đối với nông nghiệp

Theo Tờ trình mới của Bộ Tài chính gửi Chính phủ, việc sửa đổi chính sách thuế giá trị gia tăng (VAT) lần này nhằm giải quyết hàng loạt bất cập mà cộng đồng doanh nghiệp trong lĩnh vực nông nghiệp, thủy sản, chăn nuôi và chế biến đang đối mặt.

Từ ngày 1/7/2025, Luật Thuế VAT mới (số 48/2024/QH15) bắt đầu có hiệu lực. Tuy nhiên, trong quá trình chuẩn bị triển khai, nhiều bộ ngành, hiệp hội và doanh nghiệp đã phản ánh rằng một số quy định hiện hành đang gây chồng chéo, làm giảm tính cạnh tranh của hàng nông sản Việt Nam, đặc biệt ở khâu lưu thông và xuất khẩu.

Đáng chú ý nhất là tình trạng doanh nghiệp phải nộp VAT đầu vào 5% cho hàng nông sản mua tại thị trường trong nước, rồi lại chờ hoàn thuế khi xuất khẩu. Quy trình này không chỉ mất thời gian, mà còn khiến dòng tiền bị “đóng băng” trong thời gian dài, ảnh hưởng trực tiếp đến khả năng xoay vòng vốn và hiệu quả kinh doanh.

Vấn đề: Nông sản nội bị “thiệt thòi” so với hàng nhập khẩu

Theo phân tích của Bộ Tài chính, một trong những điểm bất hợp lý hiện nay là sự chênh lệch giữa thuế VAT đối với hàng nông sản trong nước và hàng nhập khẩu.

Cụ thể, nông sản và thủy sản nhập khẩu vào Việt Nam hiện không phải chịu thuế VAT, trong khi cùng loại sản phẩm sản xuất trong nước lại bị tính thuế ở khâu thương mại. Điều này vô hình trung tạo ra sự phân biệt đối xử, khiến hàng nội yếu thế hơn về giá.

Ví dụ, doanh nghiệp nhập khẩu cá đông lạnh không cần nộp VAT khi thông quan, trong khi doanh nghiệp trong nước phải vay vốn ngân hàng để nộp VAT đầu vào khi mua cá từ người nuôi. Điều này làm tăng chi phí vốn và giảm sức cạnh tranh của nông sản Việt Nam trên chính sân nhà.

Ảnh hưởng dây chuyền đến người chăn nuôi và sản xuất thức ăn

Một trong những nhóm chịu tác động mạnh là doanh nghiệp sản xuất thức ăn chăn nuôi. Do VAT 5% đầu vào không được khấu trừ, chi phí sản xuất tăng, buộc họ phải điều chỉnh giá bán ra, kéo theo chi phí đầu vào của người chăn nuôi cũng đội lên.

Điều này không chỉ ảnh hưởng đến lợi nhuận của doanh nghiệp mà còn đẩy giá thành thịt, trứng, sữa – những mặt hàng thiết yếu – lên cao, tác động trực tiếp đến người tiêu dùng.

Ngược lại, thức ăn chăn nuôi nhập khẩu không chịu thuế VAT, khiến sản phẩm nội địa khó cạnh tranh. Các hiệp hội ngành hàng cho rằng nếu không điều chỉnh, tình trạng “người Việt dùng hàng ngoại” trong lĩnh vực này sẽ ngày càng rõ nét.

Thách thức trong khâu hoàn thuế VAT

Một điểm nghẽn lớn khác là quy định về hoàn thuế VAT đối với doanh nghiệp xuất khẩu. Theo quy trình hiện hành, để được hoàn thuế, doanh nghiệp phải chờ đối tác bán hàng (bên cung cấp) hoàn tất nghĩa vụ khai và nộp thuế.

Trên thực tế, nhiều nhà cung cấp nhỏ lẻ hoặc hợp tác xã chưa đủ điều kiện tuân thủ đầy đủ thủ tục thuế điện tử, dẫn đến việc doanh nghiệp xuất khẩu bị trì hoãn hoàn thuế hàng tháng trời. Trong thời gian đó, nguồn vốn lưu động bị tắc nghẽn, nhiều doanh nghiệp phải vay ngân hàng để bù đắp, gây áp lực tài chính không nhỏ.

Bộ Tài chính cho rằng, việc bị từ chối hoàn thuế do lỗi thuộc về bên bán là bất công đối với doanh nghiệp mua hàng, khi họ đã thực hiện đúng quy định, lưu chứng từ hợp lệ và thanh toán qua ngân hàng.

Nội dung đề xuất sửa đổi cụ thể

Dự thảo Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế VAT tập trung vào ba nhóm nội dung chính:

• Thứ nhất, miễn kê khai, tính và nộp thuế VAT đối với doanh nghiệp hoặc hợp tác xã mua sản phẩm cây trồng, rừng trồng, vật nuôi, thủy sản chưa qua chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường.
• Thứ hai, cho phép doanh nghiệp trong trường hợp này vẫn được khấu trừ thuế đầu vào – điểm khác biệt quan trọng giúp họ duy trì lợi ích tài chính.
• Thứ ba, sửa đổi cách áp dụng thuế suất với phế phẩm, phụ phẩm nông nghiệp, bảo đảm mức thuế tương ứng với mặt hàng bán ra, thay vì áp dụng chung một mức.

Những điều chỉnh này, theo Bộ Tài chính, sẽ giúp giảm chi phí hành chính, tăng tính cạnh tranh và khuyến khích sản xuất nông nghiệp trong nước.

Kỳ vọng tháo gỡ khó khăn cho chuỗi nông nghiệp nội địa

Nếu được Quốc hội thông qua, chính sách mới sẽ có hiệu lực từ ngày 1/1/2026. Đây được xem là một bước tiến quan trọng trong việc đồng bộ hóa chính sách thuế, hướng tới mục tiêu phát triển bền vững và công bằng giữa các nhóm sản xuất.

Nhiều doanh nghiệp kỳ vọng, khi quy định này đi vào thực tế, dòng tiền sẽ lưu thông nhanh hơn, giảm đáng kể tình trạng tồn đọng vốn do phải chờ hoàn thuế. Đồng thời, mức giá đầu ra của nông – thủy sản và thức ăn chăn nuôi cũng sẽ ổn định hơn, giúp ngành chăn nuôi trong nước lấy lại vị thế.

Đối với người tiêu dùng, đây cũng là tín hiệu tích cực, khi chi phí sản xuất giảm có thể kéo theo giá thực phẩm hạ nhiệt, góp phần kiểm soát lạm phát trong giai đoạn kinh tế còn nhiều biến động.

Hướng đi phù hợp với thực tiễn nông nghiệp Việt Nam

Chính sách thuế VAT mới nếu được thông qua sẽ không chỉ là thay đổi về thủ tục hành chính, mà còn mang ý nghĩa chiến lược trong việc hỗ trợ chuỗi giá trị nông nghiệp Việt Nam.

Khi doanh nghiệp không còn bị “mắc kẹt” bởi các khoản thuế đầu vào, họ có thể tập trung hơn vào đầu tư sản xuất, mở rộng vùng nguyên liệu và nâng cao năng lực chế biến. Điều đó sẽ giúp nông sản Việt cạnh tranh tốt hơn trên thị trường quốc tế – nơi mà yếu tố chi phí và tốc độ xoay vòng vốn đóng vai trò quyết định.