Bộ Tài chính đề xuất sửa quy định thuế GTGT cho lĩnh vực nông nghiệp và thức ăn chăn nuôi

Chính sách thuế mới được xem xét trong bối cảnh đặc biệt của ngành nông nghiệp

Theo Bộ Tài chính, Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 được Quốc hội thông qua tháng 11/2024 và sẽ có hiệu lực từ ngày 1/7/2025. Tuy nhiên, chỉ sau thời gian ngắn chuẩn bị triển khai, nhiều cơ quan, hiệp hội và doanh nghiệp trong lĩnh vực nông nghiệp đã lên tiếng phản ánh những điểm vướng mắc khi áp dụng thực tế, đặc biệt là trong khâu mua bán, lưu thông và xuất khẩu nông – thủy sản.

Các kiến nghị gửi đến Bộ Tài chính đều tập trung vào một vấn đề lớn: chi phí thuế đầu vào đang làm giảm sức cạnh tranh của sản phẩm trong nước. Theo quy định hiện hành, doanh nghiệp phải nộp thuế GTGT 5% cho hàng hóa nông sản ở khâu thương mại, sau đó lại làm thủ tục hoàn thuế khi xuất khẩu. Quy trình “nộp – chờ hoàn” này khiến doanh nghiệp mất nhiều thời gian và dòng tiền bị chậm luân chuyển, ảnh hưởng đến hiệu quả kinh doanh.

Không chỉ vậy, do phần lớn vốn lưu động của doanh nghiệp đến từ các khoản vay ngân hàng, việc phải nộp thuế trước và chờ hoàn sau tạo ra áp lực tài chính đáng kể. Trong khi đó, tổ chức tín dụng lại không giải ngân cho phần thuế GTGT, dẫn đến tình trạng thiếu vốn cục bộ trong sản xuất – chế biến – xuất khẩu.

Bất cập trong cạnh tranh giữa hàng nội và hàng nhập khẩu

Một vấn đề khác được các hiệp hội nông nghiệp và doanh nghiệp xuất khẩu nhiều lần nhấn mạnh là sự bất bình đẳng trong chính sách thuế giữa hàng hóa sản xuất trong nước và hàng nhập khẩu.

Theo quy định hiện hành, nông sản và thủy sản nhập khẩu khi vào Việt Nam không phải chịu thuế GTGT, trong khi cùng loại hàng hóa do nông dân và doanh nghiệp trong nước sản xuất lại phải chịu 5% thuế đầu vào ở khâu thương mại.

Điều này khiến sản phẩm nội địa bị đội giá, khó cạnh tranh với hàng ngoại, đặc biệt trong các lĩnh vực như cá da trơn, hồ tiêu, cà phê hay thủy sản chế biến. Người nhập khẩu không cần vay vốn để nộp thuế, trong khi doanh nghiệp nội địa lại phải chịu gánh nặng tài chính, làm giảm khả năng mở rộng sản xuất và chiếm lĩnh thị trường.

Tác động dây chuyền đến ngành thức ăn chăn nuôi

Không chỉ doanh nghiệp nông sản, nhóm doanh nghiệp sản xuất thức ăn chăn nuôi cũng chịu tác động mạnh từ cơ chế thuế hiện hành.

Do không được khấu trừ 5% thuế GTGT đầu vào, phần thuế này buộc phải tính vào chi phí sản xuất, khiến giá thành sản phẩm tăng lên. Hệ quả là người chăn nuôi phải mua thức ăn với giá cao hơn, làm giảm lợi nhuận, trong khi sản phẩm nhập khẩu cùng loại lại có lợi thế giá vì không chịu thuế GTGT.

Theo phân tích của Bộ Tài chính, đây là một điểm chưa công bằng, gây méo mó thị trường. Nếu không được điều chỉnh, ngành thức ăn chăn nuôi nội địa có nguy cơ bị thu hẹp do không thể cạnh tranh với hàng ngoại nhập.

Vấn đề hoàn thuế kéo dài: “nút thắt” khiến dòng tiền doanh nghiệp tắc nghẽn

Một trong những vướng mắc lớn nhất hiện nay là thủ tục hoàn thuế GTGT đầu vào đối với doanh nghiệp xuất khẩu.

Theo điểm c khoản 9 Điều 15 của Luật hiện hành, việc hoàn thuế chỉ được thực hiện sau khi người bán (bên cung cấp) đã kê khai và nộp thuế GTGT theo quy định. Trong thực tế, nhiều nhà cung cấp nhỏ lẻ, hợp tác xã hoặc hộ kinh doanh chưa hoàn tất nghĩa vụ kê khai kịp thời, khiến hồ sơ hoàn thuế của doanh nghiệp bị trì hoãn.

Điều này dẫn đến tình trạng doanh nghiệp dù đã thanh toán hợp pháp, có hóa đơn đầy đủ, vẫn không được hoàn thuế đúng hạn chỉ vì lỗi của bên bán. Hậu quả là dòng tiền sản xuất – kinh doanh bị “đóng băng”, tiến độ xuất khẩu bị chậm lại, thậm chí một số doanh nghiệp phải cắt giảm sản lượng hoặc hoãn đơn hàng.

Bộ Tài chính nhận định, cơ chế này không còn phù hợp trong bối cảnh chuyển đổi số, khi nhiều doanh nghiệp vừa và nhỏ vẫn đang gặp khó trong quản lý thuế điện tử. Do đó, việc bãi bỏ quy định bắt buộc người bán phải hoàn tất kê khai mới được hoàn thuế là bước cần thiết để giảm rủi ro cho bên mua – doanh nghiệp xuất khẩu.

Những điểm sửa đổi, bổ sung quan trọng trong dự thảo mới

Dự thảo Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT lần này tập trung vào ba nhóm nội dung chính:

Thứ nhất, sửa đổi khoản 1 Điều 5 về đối tượng không chịu thuế. Theo đề xuất, sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản chưa qua chế biến hoặc chỉ qua sơ chế thông thường – dù bán bởi tổ chức, cá nhân hay doanh nghiệp – đều không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT, nhưng vẫn được khấu trừ thuế đầu vào.

Đây là điểm mới quan trọng, giúp doanh nghiệp giảm chi phí và giữ nguyên quyền khấu trừ, thay vì phải “nộp rồi hoàn” như trước.

Thứ hai, sửa đổi khoản 5 Điều 9 về thuế suất. Theo đó, phế phẩm, phụ phẩm, phế liệu được thu hồi để tái chế hoặc sử dụng lại sẽ áp dụng mức thuế tương ứng với mặt hàng thực tế khi bán ra. Quy định này giúp thống nhất cách áp dụng thuế, giảm tranh cãi giữa doanh nghiệp và cơ quan thuế.

Thứ ba, dự thảo đề xuất bãi bỏ điểm c khoản 9 Điều 15, tức bỏ yêu cầu người bán đã kê khai và nộp thuế GTGT mới được hoàn thuế. Thay đổi này giúp rút ngắn quy trình, đảm bảo quyền lợi cho doanh nghiệp mua hàng hợp pháp.

Tác động kỳ vọng khi chính sách mới được thông qua

Nếu các đề xuất được chấp thuận, chính sách thuế mới sẽ bắt đầu có hiệu lực từ ngày 1/1/2026. Đây được xem là bước đi phù hợp nhằm hỗ trợ doanh nghiệp trong chuỗi giá trị nông nghiệp – thủy sản và thức ăn chăn nuôi, nhất là trong bối cảnh chi phí đầu vào và lãi suất vẫn còn cao.

Về dài hạn, việc giảm gánh nặng thuế GTGT sẽ giúp tăng khả năng cạnh tranh của sản phẩm nông nghiệp Việt Nam, khuyến khích xuất khẩu và thu hút đầu tư vào lĩnh vực chế biến sâu.

Ngoài ra, chính sách này còn góp phần tạo ra sân chơi công bằng hơn giữa doanh nghiệp nội địa và doanh nghiệp nhập khẩu, đồng thời giảm áp lực cho người chăn nuôi – đối tượng đang chịu tác động kép từ giá nguyên liệu tăng và thị trường tiêu thụ khó khăn.

Hướng đến một chính sách thuế linh hoạt và bền vững

Việc Bộ Tài chính đề xuất sửa đổi Luật Thuế GTGT cho thấy sự thay đổi trong tư duy quản lý thuế – từ kiểm soát chặt sang tạo thuận lợi cho sản xuất và lưu thông hàng hóa.

Khi doanh nghiệp không còn bị ràng buộc bởi quy trình hoàn thuế kéo dài và gánh nặng chi phí đầu vào, dòng vốn sẽ được sử dụng hiệu quả hơn cho sản xuất. Điều này không chỉ mang lại lợi ích cho khu vực tư nhân mà còn góp phần thúc đẩy tăng trưởng nông nghiệp bền vững – một trụ cột quan trọng của nền kinh tế Việt Nam.